Un nouvel album intitulé Un jour dans notre vie, sort en 1993. Boycotté par les radios et les médias qui considèrent désormais Indochine comme un groupe du passé, à l'époque où dominent le grunge et la techno. Cet album ne remporte pas le succès escompté (environ 100 000 exemplaires vendus en France). Malgré tout cet album contient les meilleures compositions de Dominique, les synthés des premières heures du groupe on laissé la place à une multitude d'instruments différents, l'album est extrêmement abouti. Une tournée suit en 1994 et Indochine se produit sur la grand-place de Spa (Belgique) lors des Francofolies. Un live y est enregistré et sort sous le nom de Radio Indochine à la fin de l'année. Le public est toujours là et, plus étonnant, une nouvelle génération de fans s'intéresse au groupe malgré sa sous-médiatisation.
En 1995, nouvelle rupture : Dominique Nicolas, principal compositeur des plus grands tubes d'Indochine, quitte le groupe suite à des problèmes internes. Il ne supporte plus, en particulier, l'acharnement que subit Indochine de la part des médias. Les deux frères Sirkis se retrouvent seuls face à leur destin. Un grand nombre de fans se font entendre et assurent leur soutien au duo. Ils décident de relever le défi et ils partent à la recherche d'un nouveau guitariste qu'ils trouveront en la personne de Alexandre Azaria.
Un best-of intitulé Unita est commercialisé en 1996, il réunit dix-sept chansons dont une inédite issue du futur album à paraître, Kissing my song. Il s'écoule en France à près de 200 000 exemplaires et prouve à leur maison de disque, que le groupe est toujours présent sur le devant de la scène. En même temps sort un best-of, les Versions Longues qui comprend les versions longues ou remixées des chansons les plus connues du groupe.
Cependant, la sortie de l'album Wax, en 1996, passe quasiment inaperçue (60 000 exemplaires vendus). Aux yeux des médias et de leur propre maison de disque, Indochine est ringard et n'a plus d'avenir. Cet album coupe totalement avec les précédents album, de par le départ de Dominique. Principalement composé par Alexandre Azaria et Jean-Pierre Pilot (claviériste) l'album a un tonalité plus "pop", avec un retour aux instruments classiques du rock. Les textes de Nicola restent raccordé à l'univers d'Indochine, mais en y ajoutant une touche nouvelle, qu'on pourrait appeler "fausse naïveté adolescente". L'album sera alors la première pierre de la résurrection du groupe au travers d'une trilogie adolescente. Mais Indochine est viré de sa maison de disque BMG qui ne les trouvent pas assez vendeurs, et ne leur prédit qu'ils n'ont plus d'avenir.
Le salut viendra de la scène, qu'Indochine arpente depuis 17 ans : le Wax Tour remplit de nombreuses salles. Après s'être trouvé un label indépendant Double T, ils enregistrent, en mai, le concert donné à Bruxelles (Ancienne Belgique) dans une ambiance survoltée et ils en font un double CD, Indo-Live qui s'écoule à 300 000 exemplaires, ce qui est exceptionnel pour un groupe français. Le renouveau à débuté.
Alexandre Azaria est remplacé par Boris Jardel et en 1998, au vu de la réussite d'Indo-Live, ils décident de poursuivre leur série de concerts et d'en faire un Live tour. Chaque jour les fans sont plus nombreux...
Il est alors temps de préparer un nouvel album, Nicola fait alors appel à Olivier Gérard (aka Oli de Sat) pour les arrangement. Il entrevoit en effet, dans ce que lui propose Oli, de quoi révolutionner le son du groupe, qui devenait trop proche du son pop de groupes notamment comme Oasis. Les compositions sont néanmoins de Jean-Pierre Pilot et de Stéphane.
Le samedi 27 février 1999, alors que l'enregistrement de l'album Dancetaria vient de commencer, Stéphane meurt d'une hépatite foudroyante. Nicola décide alors de continuer : « Indochine vivra » dit-il, comme Stéphane le souhaitait. Les derniers titres qu'il a écrit témoignent de son immense talent, trop souvent sous-estimé. La sortie du CD sera retardée pour éviter une médiatisation morbide.
Dancetaria sort dans les bacs en août 1999 : album sombre au accents pop, glam et gothique. C'est l'album le plus réussi pour beaucoup de fans. Il bénéficie des arrangements modernes et des trouvailles sonores d'Oli de Sat. Les paroles de Nicola ce fondent à la perfection sur les mélodies. La plupart des morceaux sont agrémentées de passages de guitares ultra saturées alternées avec des moment plus calmes, faisant "monter la pression" pour atteindre une l'apothéose, comparable à un acte sexuel. Les paroles de Nicolas semblent alors en parfais accord avec la musique. Mais le disque est aussi un hommage à Stéphane avec des chanson comme She Night ou Atomic Sky.
L'album est vite propulsé dans la première partie du Top Album. Indochine repart à travers la France pour un Tour 99 riche en émotions. Il sera le second acte, et certainement le plus important, de la trilogie qui ramènera le groupe au devant de la scène, près de 120 000 exemplaires sont vendus par le simple bouche à oreille, le groupe étant toujours très peu médiatisé. À la fin de l'année 1999, Indochine enchaîne les tournées. Deux dates sont à retenir : celle du concert à Forest National (Belgique) et celle du Zénith de Paris.
En 2000, le Dancetaria Tour reprend et connaît un joli succès. Le dimanche 27 février, un concert est donné en mémoire de Stéphane. On peut y entendre plusieurs chansons écrites par ce dernier mais aussi des chansons inédites et des morceaux acoustiques. De là naît l'idée des Nuits Intimes, une tournée acoustique dans de petites salles. L'album acoustique des Nuits intimes sort début 2001.
